Por oito anos as coisas andaram bem, e a carreira deslanchou novamente. Até que suas mãos foram atingidas pela LER, novamente teve que parar de tocar, e dessa vez acreditou seria para sempre. Vendeu todos seus pianos e tornou-se treinador de boxe, querendo estar o mais longe possível do que sua carreira significava como músico. Mas sua incontrolável paixão o fez retornar, realizou grandes concertos e tentou utilizar o movimento de suas mãos criando um estilo único de tocar e aproveitar ao máximo a beleza das peças de música clássica. Algum tempo depois ele é assaltado e ao reagir sofre uma lesão no cérebro e tem o lado direito do corpo comprometido.

Obstinado, ele iniciou um trabalho em Miami para programar outra área do cérebro para comandar as mãos, em um ano ele já tocava como antes, terminando as gravações da obra completa de Bach, que havia prometido ao pai, e voltando a se apresentar novamente. Mas o tratamento trouxe complicações colaterais e ele fez uma cirurgia cortando o nervo da mão, não sem antes realizar um concerto de despedida em Londres, antes de perder definitivamente a mão direita. João perdeu anos de sua carreira em tratamentos, treinamentos. Ainda assim, num exemplo de superação extrema e encontrou novamente uma nova maneira de tocar, utilizando os dedos que podia em cada mão, segue tocando maravilhosamente as obras de Bach, somente com a mão esquerda, mas o esforço desenvolveu um tumor benigno na mão lesionada pelo uso excessivo. Uma nova operação, e João Carlos Martins perdia definitivamente também a mão esquerda.

João Carlos Martins sabe de cor 400 composições de Bach, mas escolheu para sua despedida pública como pianista o Hino Nacional Brasileiro, tocado como um acalanto ao final do concerto na Sala São Paulo. Após o último acorde do Hino Nacional, Martins fechou e beijou o piano, em sinal de agradecimento ao instrumento que tantas glórias lhe deu.

Depois de todas essas adversidades todos, inclusive ele próprio, pensa que é o fim de sua vida junto a música, mas não, é só um novo começo, após um sonho com o falecido maestro brasileiro Eleazar de Carvalho ele passou a estudar regência e se reinventou como maestro. Não consegue segurar a batuta, rege com os braços, os olhos e o coração e precisa decorar toda a sinfonia nota por nota, pois não pode mudar as páginas.

Hoje aos 67 anos ele é um exemplo de vida, e amor a musica, como maestro já deu concertos em Londres, Paris e Bruxelas e atualmente, desenvolve o projeto social Toca Atitude, que leva música clássica aos jovens de periferia de São Paulo, e inspirou um documentário franco-alemão chamado Martins Passion, vencedor de quatro Festivais internacionais. O documentário sobre a sua vida – “Paixão segundo Martins” – já foi visto por mais de um milhão e meio de pessoas na Europa, e ele continua emocionando as pessoas, seja pela sua musica, sua história de superação, ou o seu amor a música.